Tras haber participado en la ceremonia de inauguración de la torre Bell Tree, Conan y sus amigos gozan de sus vistas desde su piso más alto, a 635 metros sobre el suelo, pero mientras lo hacen, una bala impacta contra la ventana y se dispara sobre un hombre.
Ran y los Detectives Juveniles entran en pánico, al no saber qué ha pasado tan de repente, pero Conan gracias a sus gafas con zoom descubre una sombra negra en dirección a la trayectoria de la bala. Junto a la joven estudiante Masumi Sera, persigue al francotirador en moto, pero terminan involucrándose en una persecución donde varios coches patrulla están involucrados. ¡Incluso el FBI con Jodie se encuentra persiguiéndole! Pero el culpable huye y termina desvaneciéndose en la amplitud del océano.
Mientras Conan, Sera, la policía y el FBI investigan, sale a la luz la existencia de un escuadrón especial de la marina: los "Navi Seals", que están relacionados con el francotirador, que solo fue el inicio de un gran pánico que se extiende por toda la ciudad. También el estudiante de postgrado Subaru Okiya mueve ficha en el asunto...
